O Centro de Integração de Dados e Conhecimentos para Saúde (Cidacs/Fiocruz Bahia) está recrutando um(a) Bioinformata Júnior para atuar no Piloto do Repositório Nacional de Dados Genômicos do Programa Genomas Brasil, integrando e curando dados genômicos, fenotípicos e clínicos provenientes de projetos financiados pelo DECIT/MS.

Sobre o CIDACS:

O CIDACS/Fiocruz Bahia é um centro dedicado à integração e análise de grandes volumes de dados para pesquisa em saúde. A equipe trabalha em ambiente multidisciplinar, com infraestrutura de HPC, data lake seguro e ambientes controlados para processamento de dados sensíveis.

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QUALIFICAÇÕES E REQUISITOS OBRIGATÓRIOS:

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FORMAÇÃO:

Graduação completa em Bioinformática, Biologia, Biotecnologia, Computação, Engenharia Biomédica ou áreas correlatas OU especialização/mestrado em áreas relacionadas à genômica, biologia computacional ou análise de dados biomédicos.

EXPERIÊNCIA:

Experiência prática em bioinformática, acadêmica ou profissional, com processamento e análise de dados de sequenciamento de DNA genômico por NGS.
Experiência prévia em projetos de genômica humana, com participação direta na execução de análises
Experiência prática na execução e acompanhamento de pipelines de bioinformática .

HABILIDADE TÉCNICAS:

Experiência prática com Nextflow, incluindo execução de pipelines, acompanhamento das etapas e interpretação de logs e erros.
Experiência prática em Linux e linha de comando.
Experiência prática em ambientes HPC, incluindo submissão e monitoramento de jobs, filas, logs e uso de gerenciadores como SLURM.
Conhecimento dos principais fluxos de processamento de dados genômicos, incluindo controle de qualidade, mapeamento, processamento de BAM/CRAM e chamada de variantes.
Familiaridade prática com ferramentas utilizadas em genômica humana, como GATK, BWA, SAMtools/bcftools e Picard, ou ferramentas equivalentes.
Conhecimento dos formatos FASTQ, BAM/CRAM, VCF e gVCF e capacidade de avaliar seus principais resultados e métricas.
Familiaridade com containers, como Docker e Singularity/Apptainer.
Familiaridade com Git e controle de versão.

Esta é uma posição de nível júnior, mas requer experiência prática prévia suficiente para atuar rapidamente na execução e monitoramento dos pipelines do projeto. Buscamos profissionais capazes de acompanhar execuções, identificar falhas, verificar resultados e realizar troubleshooting inicial com autonomia. Experiência exclusivamente obtida em cursos ou treinamentos, sem aplicação prática em projetos, não é suficiente para a posição.

HABILIDADE INTERPESSOAIS:

Boa capacidade de organização e aprendizado contínuo.
Abordagem analítica e curiosidade científica.
Facilidade para trabalhar em equipe multidisciplinar.
Comunicação clara e abertura para receber orientação técnica.

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DESEJÁVEIS:

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Experiência com dados humanos de WES e/ou WGS.
Experiência com análise de variantes germinativas e/ou somáticas.
Experiência com adaptação ou desenvolvimento de pipelines em Nextflow.
Experiência com pipelines nf-core.
Familiaridade com padrões GA4GH, especialmente DUO e Phenopackets.
Familiaridade com dados fenotípicos e clínicos, REDCap, HPO, MONDO ou OMOP-CDM.
Familiaridade com processamento em GPU e NVIDIA Parabricks.
Inglês intermediário.

DIFERENCIAIS:

Mestrado em Bioinformática, Genética, Genômica ou áreas correlatas.
Participação em projetos ou publicações científicas em genômica ou bioinformática.
Experiência com processamento de grandes volumes de dados.
Familiaridade com boas práticas de documentação e reprodutibilidade.

Executar e monitorar pipelines de bioinformática para processamento de dados genômicos humanos em ambientes HPC, acompanhando jobs, uso de recursos, logs, falhas e conclusão das diferentes etapas.
Verificar resultados e arquivos gerados pelos pipelines, identificando falhas de execução, inconsistências e problemas de qualidade.
Realizar controle de qualidade e curadoria de dados genômicos humanos, avaliando métricas de FASTQ, BAM/CRAM e VCF.
Investigar problemas de execução e realizar troubleshooting inicial de pipelines, ferramentas e jobs em HPC, encaminhando problemas mais complexos quando necessário.
Apoiar ajustes, manutenção e testes de pipelines desenvolvidos em Nextflow.
Executar rotinas de processamento, ingestão e curadoria de dados, seguindo procedimentos e padrões definidos pelo projeto.
Registrar execuções, problemas identificados e resultados, mantendo documentação técnica e rastreabilidade dos processos.

SOBRE O CIDACS:

O CIDACS é um centro pioneiro na integração de dados, focado em entender, estudar e avaliar as condições de saúde da população brasileira por meio de Big Data. Nosso trabalho auxilia gestores públicos, pesquisadores e a comunidade, contribuindo para transformar vidas. Se você, assim como nós, é apaixonado por tecnologia e inovação, junte-se ao nosso time. Aqui, você encontrará um ambiente acolhedor, propício para desenvolvimento e inovação, repleto de profissionais de diversas formações acadêmicas unidos por um propósito.

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